모굴리스탄 칸국 또는 모굴리스탄 한국은 1346년에 차가타이 칸국이 분열된 이후 차가타이 칸국의 동부에 성립된 정권을 이르는 말이다.
1706년에 마지막 칸이 호자 가문에 의해 추방될 때까지 존속했다. 차가타이 칸국의 동부 지대에 성립했다고 하여 동차가타이 칸국이라 부르기도 한다. 또, 모굴인들이 주축이 된 국가임으로 모굴 칸국이라 이르기도 한다.
모굴리스탄 칸국은 초원 지대와 오아시스 지대의 상이한 두 지역으로 이루어져 있었다. 천산 산맥 북방(= 모굴리스탄)이 초원의 유목 지대였고, 천산 산맥 남부(= 타림 분지)에 오아시스 도시들이 있는 정주 지대였다. 16세기 초두에 모굴리스탄 칸국은 모굴리스탄을 상실하고 타림 분지의 정주지대로 이동했다. 이후 모굴리스탄 칸국은 이슬람교에 더 기우는 동시에 정주화되었다.
1346년, 차가타이 칸국의 카잔 칸이 카자간에 의하여 피살되었고, 칸국의 동쪽에서 유목생활을 고수하며 지내던 모굴인들은 카자간의 중앙정부에 소속되기를 거부한다. 그리고 차가타이의 후손인 투글루크 티무르를 칸으로 추대한다.
그 후 1358년, 카자간도 피살되면서 트란스옥시아나 지역은 무정부 상태가 되었고, 반면에 모굴리스탄 지역은 투글루크 티무르 칸이 이슬람으로 개종하는 등 튀르크 계에 대한 포섭을 성공하여 점차 안정을 찾아갔다. 또한 두 번에 걸친 원정으로 옛 차가타이 칸국 영토를 통일하기도 한다.
그러나 1363년에 그가 죽자 트란스옥시아나 지방은 아미르 티무르와 아미르 후세인의 차지가 된다. 1370년에 서 차가타이 칸국을 접수한 티무르는 티무르 제국을 세우고 중앙아시아의 패권을 잡아나간다. (차가타이 칸의 직위는 1402년, 티무르의 사망 직전까지 남아있었지만 명예직에 불과했으므로 1370년에 멸망한 것으로 본다.)
투글루크 티무르의 아들인 일리아스 호자는 트란스옥시아나의 회복을 위해 수차례 출정하나 티무르의 군대에게 패하고 그의 종주권을 받아들인다. 이후로도 티무르에게 수차례 침략을 받는다. 그렇게 1365 - 1389년까지는 칸 직위가 없어지기도 한다.
티무르의 사후에 그의 후계자들이 트란스옥시아나와 호라산을 지켜내기에 급급해지자 다시 주권을 회복하였고, 15세기 중반의 에센 부카 칸 때에 중흥기를 맞는다.
그러나 다음 대의 도스트 무함마드 칸에 대하여 유누스 칸이 반란을 일으켰고, 패배한 도스트 무함마드 칸은 동쪽 투르판 분지를 기반으로 위구르스탄 칸국을 세운다.
16세기 초, 떨어져 나갔던 위구르스탄 칸국의 만수르 칸에 의하여 모굴리스탄 칸국은 다시 통일되었고, 오이라트도 격파하며 다시 전성기를 누리는 듯 하였으나 그의 형제인 사이드 칸이 동쪽의 타림 분지 (현 신장 자치구 남부)를 기반으로 카슈가르 칸국을 세우며 다시 분열의 길로 들어섰고, 모굴리스탄 서부를 상실하며 칸국을 중가리아 분지를 제외한 현재의 신장 위구르 지역으로 축소된다.
16세기 말 이래로 카슈가르 칸국에서는 귀족인 호자 가문이 득세하여 실권을 잡았고, 이들은 곧 카슈가르의 백산당과 야르칸드의 흑산당으로 분열되어 대립 구도를 형성했다. 그러다 결국 야르칸드 기반의 흑산당이 주도권을 잡고 모굴리스탄 서부를 회복하기도 하는 등 번영한다. 그 후 투르판의 본가에게 결별선언을 하여 17세기 초엽, 모굴리스탄 칸국은 공식적으로 둘로 나뉘게 된다.
그 후 1638 - 1639년에 걸친 원정으로 투르판의 압둘라 칸이 야르칸드를 점령하고 다시 한번 모굴리스탄 칸국을 통일하는 데에 성공하나, 평화도 잠시, 1680년에 준가르 칸국의 공격을 받아 이스마일 칸이 포로로 생포되어 가고 흑산당이 소멸하며 사실상 멸망한다.
이후 백산당의 호자 귀족 세력에 의하여 모계로 혈통을 이어받아 칸을 칭하던 세력도 준가르에 대항하려 하다가 준가르에게 복속한 야르칸드의 백산당 호자 세력에게 축출당하며 마지막 칸인 아크바쉬 칸과 인도의 무굴 제국으로 망명하며 1706년에 완전히 멸망한다.
▣중앙아시아 우즈베키스탄의 역사
스키타이 ⇨ 아케메네스 조 페르시아 ⇨ 알렉산드로스의 정복 ⇨ 박트리아⇨인도 스키타이⇨대월지 (토하리 인 )⇨ 쿠샨 왕조 (월지 계 )⇨ 사산 조 페르시아에프탈 (백 훈족) ⇨ 사산 조 페르시아 ⇨ 서돌궐 ⇨ 튀르크계 도시국가들 ⇨ 우마이야 왕조 ⇨ 탈라스 전투 ⇨ 아바스 칼리프 제국 ⇨ 타히르 왕조 ⇨ 카라한 왕조 ⇨ 사만 왕조 ⇨ 서 카라한 왕조 ⇨ 셀주크 제국 ⇨ 서요 (카라키타이 ) ⇨ 화레즘 샤 왕조 (호라즘 왕조 ) ⇨ 몽골의 침입 ⇨ 차가타이 칸국 ⇨ 모굴리스탄 칸국 ⇨ 티무르 제국 ⇨ 우즈벡 칸국 - 샤이바니 왕조 ⇨ 사파비 조의 일시 점거 ⇨ 부하라 칸국 - 히바칸국 ⇨ 아프샤르 왕조 (나디르 샤) ⇨ 부하라-히바-코칸드 칸국 ⇨ 카슈가르 칸국 ⇨ 야르칸드 칸국 ⇨ 러시아의 지배 ⇨ 분리독립운동 ⇨ 소련 ⇨ 소비에트 우즈베크 ⇨ 우즈베키스탄 공화국